Performance testing of in silico HLA typing tools using a validated next generation sequencing data set, and identification of HLA allele restricted tumour neo-antigens
Datoranalys av cellernas eget flagg-system kan bidra till forskningen kring patient-anpassade cancerbehandlingar Tänk dig att du zoomar in på cellytan utav dina celler. Något som du kommer lägga märke till är uppradade molekyler med små utstickande protein-stumpar (peptider). De står nästan som flaggstänger med viftande flaggor i olika former. Dessa ”flaggstänger” kallas för MHC molekyler och de The exceptionally polymorphic Human Leukocyte Antigen (HLA) genes play a crucial role in the immune system’s interplay with non-immune cells. Certain HLA alleles are known to have a strong disease correlation. There is a growing interest, within several research fields, in determining (typing) HLA alleles at higher resolution than what is possible today using standard laboratory methods. Within th